Hệ thống bơm nhiệt nguồn nước khác với hệ thống bơm nhiệt nguồn đất ở chỗ nó là một chu trình mở sử dụng nước từ giếng để sưởi ấm hoặc làm mát ngôi nhà của bạn. Vào mùa hè, nó sẽ dẫn nhiệt trong nhà bạn vào nước, còn vào mùa đông, nó sẽ truyền nhiệt từ nước vào nhà bạn.

Trong vài năm trở lại đây, hệ thống bơm nhiệt nguồn nước dạng vòng lặp phổ biến nhưng sau một thời gian vận hành, hệ thống bơm nhiệt nguồn đất kín hiện nay chiếm ưu thế. Điều này một phần là do những cải tiến đáng kể về công nghệ của hệ thống bơm nhiệt nguồn đất, một phần là do các vấn đề về môi trường và địa chất liên quan đến việc sử dụng quá nhiều máy bơm nhiệt nguồn nước ở một số khu vực. Tính đến thời điểm hiện tại, hệ thống bơm nhiệt nguồn nước vẫn là sự lựa chọn tốt nếu bạn vượt qua EIA và nhận được giấy phép cấp nước.

Theo thời gian, bộ trao đổi nhiệt của hệ thống bơm nhiệt nguồn nước cần được vệ sinh sạch sẽ nhưng sẽ làm tăng chi phí sử dụng sau này. Tần suất làm sạch cần thiết sẽ xác định xem những giếng như vậy có sẵn hay không. Trong hầu hết các trường hợp, tốt nhất nên sử dụng vòng bơm nhiệt nguồn nước khép kín để giảm bớt sự bất tiện khi vệ sinh vòng bơm nhiệt nguồn.

Chi phí bơm của giếng cũng ảnh hưởng đến khả năng sẵn có của hệ thống bơm nhiệt nguồn nước. Chi phí chính của việc bơm nước giếng là nước giếng được nâng lên phòng máy chính dưới tác động của máy bơm nước. Lúc này yêu cầu về công suất của máy bơm. Nếu nước giếng sâu, khoảng cách xa thì công suất bơm lớn hơn; nếu không thì dòng chảy càng nhỏ. Ngoài công suất máy bơm còn có một thứ đó là giá thành của máy bơm. Một máy bơm ổn định và hiệu quả cũng sẽ tốn rất nhiều chi phí.