Nước cứng chứa nồng độ cao canxi, magie và các muối khoáng khác, khi đun nóng và bay hơi, có thể hình thành cặn bám trên bề mặt bộ trao đổi nhiệt của bình ngưng làm mát bằng nước. Theo thời gian, cặn này hoạt động như một rào cản cách điện giữa nước làm mát và bề mặt kim loại của bình ngưng, làm giảm hiệu quả trao đổi nhiệt. Khi cặn dày lên, cần nhiều năng lượng hơn để đạt được hiệu quả làm mát tương tự, dẫn đến hiệu suất hệ thống giảm, chi phí vận hành cao hơn và độ hao mòn của hệ thống tăng lên. Sự tích tụ cặn cũng có thể dẫn đến giảm công suất dòng chảy trong bình ngưng, dẫn đến áp suất và nhiệt độ cao hơn. Để chống lại những tác động này, nhiều thiết bị ngưng tụ làm mát bằng nước sử dụng chất làm mềm nước để loại bỏ các ion canxi và magie hoặc sử dụng hóa chất chống đóng cặn để ức chế sự hình thành cặn.

Chất lượng nước có độ pH quá cao (quá axit hoặc quá kiềm) có thể dẫn đến ăn mòn các thành phần kim loại trong bình ngưng làm mát bằng nước . Nước có độ pH thấp (có tính axit) có thể gây ra quá trình oxy hóa bề mặt kim loại, dẫn đến rỉ sét và làm suy yếu tính toàn vẹn cấu trúc của bình ngưng, trong khi nước có độ pH (kiềm) cao có thể gây ra sự ăn mòn kiềm, làm phá vỡ bề mặt kim loại. Sự hiện diện của clorua, thường được tìm thấy trong nước biển hoặc nước làm mát công nghiệp, có thể đẩy nhanh quá trình ăn mòn rỗ, dẫn đến hư hỏng cục bộ. Để ngăn chặn sự ăn mòn, nước phải được xử lý để duy trì phạm vi pH tối ưu, thường là từ 7 đến 8,5, lý tưởng để ngăn ngừa sự ăn mòn cả axit và kiềm. Các chất ức chế ăn mòn, chẳng hạn như phốt phát, hợp chất kẽm hoặc silicat, thường được sử dụng kết hợp với kiểm tra nước thường xuyên để đảm bảo chất lượng nước nằm trong giới hạn cho phép.

Nguồn nước có chứa trầm tích, bụi bẩn hoặc các hạt vật chất khác có thể dẫn đến tắc nghẽn và tắc nghẽn trong hệ thống đường ống và bộ trao đổi nhiệt của bình ngưng làm mát bằng nước. Những hạt rắn này có thể cản trở dòng nước, làm giảm khả năng mang nhiệt ra khỏi bình ngưng. Lưu lượng giảm làm tăng áp suất bên trong bình ngưng và làm giảm hiệu quả làm mát tổng thể của nó. Theo thời gian, sự tích tụ trầm tích có thể dẫn đến mài mòn các bộ phận bên trong, làm tăng thêm nhu cầu bảo trì và có khả năng gây hỏng hóc. Để giảm thiểu những vấn đề này, hệ thống lọc hoặc bộ lọc thường được lắp đặt tại các điểm cấp nước để lọc các hạt lớn trước khi chúng đi vào thiết bị ngưng tụ. Các hệ thống này được thiết kế để loại bỏ cát, bùn và các chất rắn lơ lửng khác có thể làm hỏng các bộ phận bên trong hoặc làm giảm hiệu suất.

Bám bẩn sinh học xảy ra khi các vi sinh vật như vi khuẩn, tảo và nấm tích tụ trên bề mặt trao đổi nhiệt của bình ngưng. Khi không được kiểm soát, những vi sinh vật này có thể tạo thành màng sinh học, hoạt động như một lớp cách nhiệt làm giảm đáng kể khả năng truyền nhiệt. Màng sinh học cũng thúc đẩy sự ăn mòn và tắc nghẽn, làm giảm hiệu quả của hệ thống hơn nữa. Bùn sinh học phổ biến hơn trong các hệ thống sử dụng nước mặt (sông, hồ hoặc nước biển) có hàm lượng chất hữu cơ cao hơn. Sự phát triển của tảo đặc biệt có vấn đề vì nó có thể chặn dòng nước và dẫn đến tăng mức tiêu thụ điện năng do hệ thống bù đắp cho hiệu suất truyền nhiệt bị giảm. Để chống bám bẩn sinh học, hệ thống xử lý nước thường bao gồm các chất diệt khuẩn hóa học (như clo, brom hoặc các hợp chất gốc đồng) để tiêu diệt vi sinh vật trước khi chúng có thể hình thành màng sinh học. Xử lý bằng tia cực tím (UV) là một lựa chọn thân thiện với môi trường khác để ngăn chặn sự phát triển của vi sinh vật.